Tiểu đơn vị protein là một phân tử protein đơn lẻ lắp ráp (hoặc cùng lắp ráp) với các phân tử protein khác để tạo thành một phức hợp protein.

Một phương pháp sản xuất tiểu đơn vị dựa trên protein liên quan đến việc cô lập một protein cụ thể khỏi virus và tự quản lý nó. Một điểm yếu của kỹ thuật này là các protein cô lập có thể bị biến tính. Phương pháp thứ hai để sản xuất vắc-xin tiểu đơn vị bao gồm việc đưa gen của kháng nguyên từ virus hoặc vi khuẩn được nhắm mục tiêu vào một virus khác (vectơ virus), nấm men (vectơ nấm men), như trong trường hợp vắc-xin viêm gan B[2] hoặc vi khuẩn giảm độc lực (vector vi khuẩn) để tạo ra virus hoặc vi khuẩn tái tổ hợp làm thành phần quan trọng của vắc xin tái tổ hợp (còn được gọi là vắc xin tiểu đơn vị tái tổ hợp). Vectơ tái tổ hợp được biến đổi bộ gen sẽ biểu hiện kháng nguyên. Kháng nguyên (một hoặc nhiều tiểu đơn vị của protein) được chiết xuất từ vectơ.[2] Cũng giống như các vắc xin tiểu đơn vị rất thành công, kháng nguyên được tạo ra từ vectơ tái tổ hợp sẽ ít hoặc không có nguy cơ đối với bệnh nhân. Đây là loại vắc-xin hiện đang được sử dụng cho bệnh viêm gan B,[2] và nó phổ biến trong thực nghiệm, được sử dụng để cố gắng phát triển vắc-xin mới cho các loại virus khó tiêm chủng như virus Ebola và HIV.[3]